De oudste verwijzing naar brouwerij het Anker werd teruggevonden in het kasboek van 1369 van het kapittel Sint-Rombout waarbij een persoon genaamd Jan in den Anker zijn belasting betaalde. Een tweede verwijzing dateert uit 1433 waarbij een persoon genaamd Matthijs Jan's zoon de niet rendabele brouwerij koopt. Een derde historische verwijzing dateert uit 1471 wanneer Hertog Karel de Stoute een stadswet inriep dat het Mechels bier werd vrijgesteld van accijnzen. In 1873 kopen Louis Van Breedam en zijn zus de stadsbrouwerij en na verbouwingen heeft deze brouwerij als één van de eerste een stoomketel. De brouwerij krijgt de firmanaam n.v. Boonaerts & Van Breedam. Op 31 december 1904 wordt de naam omgevormd tot Het Anker en in 1912 bouwt Victor Van Breedam er de eerste mouterij in Vlaanderen, volledig gebouwd in gewapend beton. Het mout dat men hier produceerde diende als grondstof voor brouwerij Het Anker en omliggende brouwerijen. Vanaf de zomer van 1998 besluit de leiding van brouwerij Het Anker om het bedrijf weer 100% onafhankelijk voort te zetten. Bovendien wordt er in augustus 1999 het Hotel Carolus in de oude stockageruimtes van de brouwerij geopend.